根据主要职责，市委组织部内设8个职能科（室）：
        1、办公室。负责部内工作的综合协调；主管秘书、机要、文书档案和部内值班、集体活动等工作；负责部分会议和部长办公会议的通知和决议实施的督查；负责起草部内工作计划、安排、总结等综合性材料；负责部内干部政治业务学习的组织；负责信息、文字综合、会务组织、文电处理、文件审核、督办检查、办公自动化、微机管理和机关保密工作；负责部内干部考核工作；负责全市组织部门信息的管理和指导工作，主办部内组工信息；负责部机关财务、机构编制、劳资、保卫、固定资产管理工作以及机关后勤服务的规划、协调和监督等工作；负责全市干部档案管理工作的宏观指导；管理市委管理干部和市直不设党委部门干部的档案；承办部领导交办的其他事项。
        2、组织一科（党代表联络办公室）。负责全市党的基层组织建设的综合协调工作，承担市党建工作领导小组办公室的日常工作;研究提出农村基层党组织建设相关制度,指导农村基层党组织建设工作；研究提出农村党员队伍和乡村干部队伍建设的措施;协调、指导农村党员教育、管理和发展工作;指导县(区)党委和农村基层党组织的换届选举工作;负责中央、自治区党代会代表的推选和联络具体工作，承办市党代会选举的有关工作;负责全市党费收缴管理、党组织关系接转、党内统计工作；承担部领导交办的其他工作。
        3、组织二科。主要负责指导城市各行各业基层党组织建设；研究提出机关、学校、街道社区、企业、社会组织等行业领域基层党组织建设相关制度，研究制定上述行业领域党员队伍建设规划、意见;协调指导上述行业领域的党员教育管理等方面的工作;负责党员教育的宏观管理和指导工作;承担部领导交办的其他工作。
        4、干部一科。处级干部的宏观管理和干部工作政策、县处级领导班子建设、干部制度改革方面的调查研究，提出有关具体措施；负责办理自治区管理干部的职务任免及工资、待遇、退（离）休的报批；负责全市党政群机关、人大、政协工作部门、法院、检察院机关、事业单位和市管企业领导干部的考察、考核和职务任免及工资、待遇、退（离）休的报批；起草市委管理干部职务名称表，编制市委管理干部名册；负责办理市党代会、市人代会、政协会议人事安排有关事项；负责报批县区领导班子换届人事安排方案，办理领导班子候选人名单及选举结果的批复；按照规定办理提拔任用干部的公示；对部门和县区领导班子的调整、干部交流及军队转业团职干部的安置等提出意见和建议；协助有关方面研究县区领导班子建设的有关方针、政策和制度；负责办理处级干部的调动和县处级以上领导干部年度考核的审核；负责干部统计宏观指导和综合统计工作；承办部领导交办的其他事项。
        5、干部二科。负责全市科级干部宏观管理，研究提出科级干部管理制度及政策；负责市直部门科级干部的考察、考核及深化干部人事制度改革工作，提出科级干部竞争上岗、调整、交流意见或建议；按照干部管理权限办理科级干部任免、调动、退（离）休的报批；办理党群部门、人大和政协机关、法检两院、党群事业单位科级以下工作人员的调配、年度考核工作；负责部内科级以下干部的选调、考察工作；承办部领导交办的其他事项。
        6、干部三科。负责研究拟定干部教育培训的政策规划；对全市干部教育培训工作进行协调、指导、检查；组织副处级以上干部和优秀中、青年干部的培训和调训；负责对到基层锻炼干部的选调、管理和考核工作；指导干部教育培训基地、师资队伍建设工作。负责处级后备干部的选拔、培训、考核工作。承办部领导交办的其他事项。
        7、干部监督科。负责干部监督各项制度的落实，提出加强对领导干部监督工作的意见和建议，参与制定有关干部监督的制度和规定；负责组织检查县（区）党委贯彻执行《地方党委工作条例》的情况；对市直部门、企事业单位领导班子贯彻执行民主集中制进行督促检查；负责全市县处级领导班子、党员领导干部民主生活会的安排、督促检查；负责对县（区）、市直部门（单位）贯彻执行《党政领导干部选拔任用工作条例》情况的检查、监督工作；受理用人方面不正之风的举报，督办和直接办理严重违反组织人事纪律的案件；负责组织部门干部监督工作的宏观指导和《组织人事干部行为若干规范》执行情况的监督检查；负责承办有关干部政策问题的咨询，受理市委管理干部的历史遗留问题；负责市委管理干部的出生、学历、参加革命工作时间的审查；办理干部的出国政审；负责本部与市级执纪执法机关之间的沟通、联系与协作；承办领导干部任期经济责任审计的委托、情况汇总等工作；负责对组织系统信访工作的宏观指导，做好来信来访工作。受理干部公示期间的举报，并对举报内容进行调查；承办部领导交办的其他事项。
        8、人才科。负责全市人才工作的宏观管理，履行党政人才、企业经营管理人才和专业技术人才队伍建设的牵头抓总职责；负责或参与制定人才工作的有关政策和规定；负责优秀专家、拔尖人才的选拔管理工作，建立全市高技术专业人才信息库；承担市人才工作领导小组办公室日常工作。
        9、市委党史党建研究室（电教中心）（挂靠单位）。负责对石嘴山市党史资料的征集、整理、编辑、宣传、研究和对县区党史工作的指导；负责组织开展新时期党的建设工作的调查研究；责党员电化教育相关工作；负责365手机版的管理维护工作;承担部领导交办的其他工作。